W momencie nieuiszczenia zaliczek na podatek dochodowy w określonym czasie powstają tzw. zaległości podatkowe, od których będą z kolei naliczane odsetki. Samo uregulowanie zaległej zaliczki nie rozwiąże problemu. Oprócz zapłaty zaległej zaliczki, podatnik zobowiązany jest również do uregulowania naliczonych odsetek za nieterminową wpłatę podstawowego zobowiązania podatkowego. W myśl art. 53a § 1 Ordynacji podatkowej, jeżeli w postępowaniu podatkowym po skończonym roku podatkowym lub innym okresie rozliczeniowym urząd podatkowy stwierdzi, że podatnik nie uregulował zaliczek (jej części lub całości), urząd ten wydaje decyzję, w której ustala wysokość odsetek za nieterminowość na dzień dostarczenia deklaracji podatkowej za rok podatkowy lub inny okres rozliczeniowy, a w przypadku niedostarczenia zeznania w terminie - odsetki na ostatni dzień terminu dostarczenia zeznania, przyjmując prawidłową wysokość zaliczek na podatek. Należy wspomnieć, że odsetki od nieopłaconych w określonym czasie zaliczek na podatek dochodowy są naliczane jedynie do okresu, w którym podatnik składa zeznanie roczne, albo do dnia, w którym takie zeznanie powinno być przez podatnika złożone. Po tym terminie odsetki naliczane będą od zaległości głównej, a nie tylko od niezapłaconych zaliczek. Odsetki podatkowe są regulowane przez przepisy Ordynacji podatkowej i stanowią dla podatnika karę za nieopłacenie w terminie należności budżetowych. Są one stosowane, kiedy nieterminowe płatności dotyczą:
- podatków,
- składek na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne,
- opłat za usługi w zakresie reklamy alkoholu i zezwolenie na sprzedaż alkoholu,
- opłaty za rekultywację gruntów,
- opłaty za korzystanie ze środowiska,
- cła.