W strukturze aparatu skarbowego mieści się kontrola skarbowa. Aparat kontroli skarbowej, podobnie jak aparat poboru podatków, dzieli się na kilka związanych ze sobą organów administracyjnych. Urzędy kontroli skarbowej dokonują czynności kontrolnych. Mieszczą się na terenie każdego województwa w Polsce. Na ich czele stoją dyrektorzy wskazanych urzędów kontroli skarbowej. Ich zadaniem jest kontrolować pracę urzędu, ustalać plan kontroli i upoważniać inspektorów do organizowania kontroli. Nie mają jednak prawa do ingerencji w toku czynności kontrolnych. Dyrektor urzędu jest mianowany, przez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, przez Ministra Finansów. Istnieje też możliwość, że będzie on w tym samym czasie inspektorem kontroli skarbowej. Inspektorzy skarbowi są samodzielnymi i niezależnymi jednostkami kontroli skarbowej. Do ich podstawowych obowiązków należy rozpoczynanie kontroli na podstawie upoważnienia wydanego przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej oraz pisemnego zawiadomienia.
Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jest organem wyższego stopnia porównując do do inspektorów. Jego zadaniem jest wyznaczanie zadania kontroli skarbowej i organizowanie systemu informacji. Jego siedziba ma miejsce w Ministerstwie Finansów. Pod jego jurysdykcję podlegają każde mniejsze podmioty kontrolne.
